Un aspecto que ha distinguido y condicionado a la cofradía de la Vera Cruz, a lo largo de su devenir histórico, ha sido el patronato perpetuo del Ayuntamiento leonés sobre la cofradía. El motivo no es particularmente difícil de comprender. Como si en una cuestión de derecho consuetudinario se tratara, la presencia continua, puntual y gobierno de la procesión de disciplinantes, al menos desde 1564, organizada por la hermandad el Jueves Santo, fue causa para que en el 31 de marzo de 1640 los representantes municipales decidieran obligarse a sí mismos para asistir siempre al citado cortejo, momento en el que comienza el patronato, término aparecido desde entonces en varios textos municipales. El documento de 1640 dice así: “Este dia el Señor Capitan Don Fernando de baldes corregidor de la dicha ciudad dijo y propuso que la ciudad acostumbraba hir acompañando la procesion de disciplina el jueves ssanto que la cofradia de la Vera Cruz hacia y salia del convento de San Francisco desta ciudad, y que despues que el correjidor ha visto que acuden muy pocos de los caballeros rejidores a la dicha Procision y si algunos acuden luego se ban y desaparecen, quedandose su mayoria solo y quando mucho con uno u dos caballeros rrejidores cosa yndecente y desautorizada en un dia semejante y que asi la ciudad determinase lo que fuese mas conbiniente o no hir la ciudad a semejante acto, o concurrir todos, y abiendose ablado y platicado sobre el caso se acordo y boto que todos los caballeros rejidores y escribanos de ayuntamiento y procurador general según se acostumbra asistan a la dicha procesion en la forma y como se acostumbra rejiendola y gobernandola acompañando por lo menos cuatro de los caballeros rejidores mas antiguos al señor correjidor sin excusarse ninguno, sino fuese con causas por una pena de doce reales a cada uno a repartir según costumbre entre los presos. E se abise a los porteros para que aboguen en la forma hordinaria.”

Desde esta declaración institucional de los regidores leoneses del siglo XVII, el municipio asistirá siempre a la citada procesión del Jueves Santo y a la del Santo Entierro. También, velará por el buen uso de los fondos de la hermandad de la Vera Cruz, como lo demuestra un acta de 8 de abril de 1644 del siguiente modo: “Este dia acordo la ciudad y se trato en la ciudad lo mucho que ynporta la buena administracion de la cofradia de la Santa Vera Cruz de que la ciudad es patrono por averse tenido noticia que muchos principales de censos, estaban consumidos entre algunas personas que an sido avades, a que no se debe dar lugar y asi acordo la cidad que los señores Quiros Miranda y don Francisco Ramirez se informen de que censos son los consumidos y quien tiene el dinero y ynformen al Señor obispo para que esto se remedie.” Ayudará económicamente a la cofradía, así se lee en otra acta de 2 de marzo de 1649, que a la letra dice: “Este dia se presento en la ciudad un memorial del abad y cofrades de la Santa Veracruz aplicando a la ciudad se sirviese como patrono de dicha cofradia de darles alguna ayuda de costa para hacer abitos, que visto por la ciudad acordo se le de libranza en el mayordomo de propios de trecientos rreales para que se hagan habitos de disciplina. De ninguna manera se gaste en otra cosa porque la voluntad de la ciudad lo es para que se gaste en la forma dicha.” Se encargará de organizar la procesión del Santo Entierro cuando por diferentes razones no pueda hacerlo la cofradía; de este modo en 1666, para resolver, el Ayuntamiento, la prohibición que el Juez Ordinario Eclesiástico había establecido, a causa de una disputa por la propiedad de la capilla de la Cruz, entre el hijo legitimo de una descendiente de los fundadores y el marido de esta, no permitiendo la procesión del Entierro de Cristo; aquel nombrará algunos regidores que asistieran al gobierno y dirección de la misma para que se verifique dicha procesión y función del Entierro de Cristo. Por cierto, al terminar esta, se ofreció una cantara de aloja que costó 18 reales, a cargo de las cuentas municipales.

Sucederá lo mismo entre los años 1812-1814, cuando por un acta de 3 de marzo, del primero: “Haviendose tratado y conferido de la falta notable de Procesiones acostumbradas en la Semana Santa, y la utilidad de restablecer a lo menos la mas solemne que se hacia en la tarde del biernes Santo por el culto del Señor y edificacion publica en el recuerdo de los mas sagrados misterios de nuestra Religion. Se acordo que los Señores comisarios de fiestas bean con el Abad y seises ultimos que fueron de la cofradia de la bera Cruz ya extinguida que tenia a su cargo la Procesion citada los medios y arvitrios de que usara, y que propongan Al Ayuntamiento los que les parezca conducentes a fin de restablecerla con la solemnidad correspondiente desde el Monasterio de Religiosas de Santa Maria de carvajal en donde existe el Santo Sepulcro, haciendo para ello un calculo a juicio prudencial de los costos precisos.” Así se consultará, pero “(…)por haverse estinguido las Hermandades y Cofradías, y los Conventos de San Francisco y Santo Domingo de esta Ciudad no huvo ya en los tres años ultimos ninguna de las Procesiones publicas que con Sermon se hacian y salian de dichos Conventos a espensas de las citadas cofradias, y hermandades en el Domingo de Ramos, Jueves y Viernes Santo, y Pascua de Resurreccion, y que por su falta se ha manifestado desconsolado el Pueblo: acordo para satisfacer a sus deseos que se haga en lo subcesibo Siempre que lo permita el temporal por la tarde del Viernes Santo una Solemne Procesión del entierro de Cristo y Soledad de Maria con Sermon, y asistencia del mismo Ayuntamiento y de la Capilla de musica de la Santa Yglesia Catedral costeandose de los fondos publicos como las demas fiestas de Ciudad(…)”. Estableciéndose para la ocasión una serie de normas, destacando entre ellas la 3ª que dice así: “Que se celebre esta función en dicha Yglesia catedral ó en su defecto en la Parroquial de Santa Marina por su mayor capacidad para la concurrencia de las jentes trasladandose antes a ella la efijie de Nuestro redentor Jesucristo en el Sepulcro que estava en San Francisco y la de Nuestra Señora de la Soledad que estava en Santo Domingo y devolviendose despues de la funcion el Sepulcro a el convento de Carbajal, y la Soledad a la Capilla de la Esclavitud donde se hallan.” La ayuda prestada por este patronato del Ayuntamiento a la cofradía de la Vera Cruz llega, incluso, a la defensa de esta en un pleito judicial que mantenía contra Don Fernando Rodríguez de Herze, vecino de León y elegido como abad de la cofradía, el día dos de mayo, víspera de la fiesta de la Invención de la Santa Cruz de 1720. Aquel se había negado a aceptar dicho cargo, desembocando este hecho en un litigio ganado por la cofradía ante el tribunal eclesiástico de León, pero dicho vecino apela al tribunal de la Inquisición de Valladolid, buscando la hermandad el apoyo municipal, quien decide tomar cartas en el asunto representándola, en dicha sala, cuyo veredicto será favorable a la cofradía de la Vera Cruz.